みどり認定制度について

みどり認定は、補助金そのものではなく、環境負荷を減らす農業の計画に「認定」を出し、税制と補助事業の優先採択につなげる制度

宮崎県小林市が案内している「みどり認定制度」は、みどりの食料システム法にもとづいて、環境への負担を減らす農業に取り組む農業者の計画を認定する制度です。市の説明では、従来のエコファーマー制度に代わる新しい仕組みと位置づけられています。ここで先に押さえたいのは、みどり認定は「申請すれば交付金が振り込まれる」タイプの補助金ではない、という点です。認定を受けることで、設備投資をしたときの税制上の優遇や、国の補助事業の審査での加点といった、ほかの制度を使いやすくする効果が得られます。

ProdX Crowd編集部は、小林市の公式ページ、同ページに掲載された様式と記載例、宮崎県の案内ページ、農林水産省の資料（令和8年9月版の認定制度説明資料）を読み、この制度の仕組みと進め方を整理しました。

まず、全体像を表にします。

この記事では、どんな取組が対象か、受けられる効果はどれほどか、申請の手順と書き方、準備のつまずきやすい点、向く人と向かない人、他の制度との関係を、順に説明します。融資にあたる制度は、このサイトでは詳しく解説しない方針のため、名前に触れる程度にとどめます。

みどり認定とは何か。どの法律の、何を認定する制度か

みどりの食料システム法の正式名称は、「環境と調和のとれた食料システムの確立のための環境負荷低減事業活動の促進等に関する法律」です。農林水産省のページによると、令和4年7月1日に施行されました。法律の目的は、環境と調和のとれた食料システムの確立に関する基本理念などを定めること、そして、農林漁業にともなう環境への負荷を減らす事業活動などの計画を認定する制度を設けることで、農林漁業と食品産業の持続的な発展を図ることとされています。

法律には、大きく2種類の認定の仕組みがあります。農業者の方がかかわるのは、そのうちの前者です。

小林市のページが説明しているのは、前者のみどり認定です。農林水産省の資料には、「その組織する団体」とは、農協や集落営農組織などで、法人格の有無を問わず、農林漁業者を直接または間接の構成員とする共同組織をいう、と書かれています。したがって、個人の農業者のほか、法人、集落営農、JAのグループなどが、認定の対象になります。

宮崎県の案内ページには、県が基本計画を定めていることも書かれています。「宮崎県農林水産業における環境負荷低減事業活動促進に関する基本計画」は、令和5年3月24日に策定され、令和8年3月31日付けで変更されました。個々の農業者の計画は、この県の基本計画に沿った内容でなければなりません。

どんな取組が対象になるのか。法律が示す3つの類型

小林市のページには、具体的な取組の例として、次のものが挙げられています。土づくり、化学肥料や化学農薬の使用の低減、燃油使用の低減や水稲の中干し期間の延長などによる温室効果ガスの排出削減、バイオ炭の農地への施用、農業用プラスチックの排出削減、などです。

農林水産省の資料は、環境負荷低減事業活動の定義を、次のように整理しています。農林漁業者が行う事業活動であることに加え、以下のいずれかであること、というものです。

告示で定められた活動は、資料に、次の5つが書かれています。

資料には、さらに、取組が「農林漁業の持続性の確保に資するもの」であることも求められる、と書かれています。具体的には、環境への負荷を減らす取組にともなって増える生産コストを抑えるなどして、農林漁業の所得の維持または向上を図るもの、つまり、経済的な合理性があるものである必要があります。環境によいことをしても、経営が成り立たなくなる計画は、認定の対象にならない、という考え方です。この点は、申請書の「経営の持続性の確保に関する事項」の欄で、売上高と経営費と所得の現状と目標を書くことにつながっています。

宮崎県の案内ページも、認定の対象を、農林漁業者が行う事業活動で、県の基本計画に掲げるいずれか、として、次の3つにまとめています。

どの取組が自分の経営に当てはまるかは、地域や作物によって変わります。計画づくりの前に、市の農業振興課に、取組の内容を相談してください。小林市のページにも、「申請を希望する方は、まずはご相談ください」と書かれています。

認定を受けると、何が得られるのか。市が示す3つのメリット

小林市のページが示している主なメリットは、次の3点です。

農林水産省の資料には、これらに加えて、行政手続のワンストップ化（農地転用許可の手続や、補助金等で取得した財産の目的外使用の承認など）が、特定区域のモデル地区に関する措置として挙げられています。通常のみどり認定では、主に、税制、補助事業での採択要件や加点、金融上の特例の3つが、実利のある支援として整理されています。

特別償却は、いくら得になるのか

小林市のページは、特別償却の例として、機械などは取得金額の32%、建物などは取得金額の16%、と示しています。農林水産省の資料でも、同じ割合が示されています。農林水産省の資料では、この税制は、令和10年3月31日までの間に、認定された実施計画にもとづいて対象設備等を取得し、事業の用に供した場合に適用される、と書かれています。

特別償却とは、通常の減価償却費に加えて、取得した初年度などに、さらに償却費を上乗せして計上できる仕組みです。小林市の説明では、「設備を導入した初年度に計上できる経費が増えるため、その年の所得税や法人税の負担を軽減できます」とされています。重要なのは、これは税金そのものが免除されるのではなく、費用として計上する時期を前倒しできる仕組みだ、という点です。農林水産省と市の資料は、この点を、税の「繰り延べ」とは書いていませんが、「初年度に計上できる経費が増える」という表現が、その性質を示しています。

仮の金額で、特別償却の上乗せ額を計算します。資料にある割合を使った、見方を示すための例です。実際の税額は、所得や償却の方法によって異なるため、税理士や税務署に確認してください。

この上乗せ額は、通常の償却費に追加して、費用に計上できる額です。ここから、税額がいくら減るかは、所得の状況で変わります。

対象になる機械の条件

農林水産省の資料は、生産者向けの投資促進税制（みどり投資促進税制）の対象設備の要件を、次のように整理しています。

資料には、化学肥料や化学農薬の低減に資する農業機械95機種が、みどり税制の対象になっている（令和8年8月末時点）と書かれています。堆肥の生産を効率よく行う自動撹拌機の例も、載っています。どの機械が対象かは、農林水産省のホームページに、名称と型式、型番などが公表される、とされています。購入を検討する機械が、その一覧にあるかどうかを、契約の前に確認することが重要です。

認定の前に導入した機械は、税制の対象になりません。市のページが太字で注意しているこの点は、最もつまずきやすい点です。機械の注文、契約、納品、支払の、どの時点を「導入」とみなすのかは、市の資料には書かれていません。購入の話を進める前に、農業振興課と、税務の担当者に、手順を確認してください。

補助事業の優先採択

小林市は、「みどりの食料システム法の認定による主な補助事業等の優先採択」という農林水産省の資料を、ページに載せています。資料のタイトルには、「R6補正・R7当初」と書かれており、掲載時点の予算にもとづく資料です。年度が変わると、内容が変わる可能性があります。

資料の冒頭には、次のように書かれています。「みどりの食料システム戦略推進交付金」では、採択ポイントのうち、特定区域の設定や、農業者の計画認定等で、最大20点がプラスされる、とあります。ほかの補助事業でも、同様に、計画認定によるメリットが受けられる、と説明されています。

資料に載っている、優先採択の対象になる主な事業の名称を、分野別にまとめます。

この資料の優先項目には、星印が付いており、星の数は、事業ごとの加点の大きさの違いを示しているとみられますが、凡例の詳しい読み方は、資料の本文からは読み取れません。実際の加点は、各事業の公募要領で確認してください。

申請の流れは、どう進むのか

小林市のページに書かれた基本の流れを、表にします。

宮崎県の案内ページには、「居住する市町村へ提出してください」と書かれています。県への直接の提出ではなく、市町村の窓口を通る流れです。

宮崎県の手続きの流れを描いたフローチャート（令和5年10月25日改正版）では、次のように整理されています。

食品流通の合理化に関する事項が計画に含まれる場合は、県の農業流通ブランド課が、必要に応じて、九州農政局と協議する、とフローチャートに書かれています。小林市のページが案内する、農業者の通常の申請では、このような協議が必要になるのは、計画に流通の取組を含めた場合です。

認定された場合と、不認定の場合の通知も、フローに書かれています。認定の場合は、認定の通知が届き、不認定の場合は、不認定の通知が届きます。いずれの場合も、申請者への通知は、市町村を経由して行われる流れで描かれています。審査にかかる日数は、小林市のページにも、県のページにも書かれていません。機械の導入や、補助事業の申請の時期から逆算して、早めに市の農業振興課に、おおよその日数を確認してください。

申請書類は何を出すのか

小林市のページに掲載された様式は、次の3種類です。

ほかに、記入例が2種類（通常の記入例と、有機JASの記入例）が用意されています。宮崎県のページには、県の認定要領（令和7年10月7日改正）と、様式集（同日改正）が載っています。様式は、都道府県によって異なる場合がある、と記載例にも注記されているため、小林市や宮崎県の最新の様式を使ってください。

小林市のページには、申請書類の作成に関する注意が3点書かれています。

土壌診断書は、申請の準備で、時間がかかりやすい書類です。診断の依頼から結果が出るまでの日数は、資料には書かれていません。JAみやざきこばやし地区本部園芸課に、あらかじめ問い合わせて、日数を確認してください。有機JASの簡略様式の記載例には、「直近に実施した土壌診断結果を添付してください」と書かれています。古い診断結果ではなく、直近のものを使うことに、気をつけてください。

計画書には、何を、どう書くのか。記載例から読み取る

宮崎県の記載例（環境負荷低減事業活動の実施に関する計画）と、有機JASの簡略様式の記載例から、計画書の構成を整理します。記載例の数値や会社名は、見本として書かれたもので、実在の申請内容ではありません。

記載例の「経営の持続性」の欄は、数字の組み立てを理解する材料になります。有機JASの簡略様式の記載例では、次のとおりです。現状は6年12月期、目標は11年12月期の数値で、見本として書かれたものです。

この記載例では、売上高が2,700万円から3,000万円に増え、経営費が同額のまま、所得が800万円から1,100万円に増える計画になっています。記載例の注記には、イ、ウ、エに記載する数値は、概数でよい、と書かれています。環境にやさしい取組を、収益の増加と両立させる計画を、数字で示すことが、認定の考え方（経済的な合理性）と対応しています。

記載例には、資金の欄も例示されています。たとえば、堆肥散布機の購入費が、令和7年度に6,000千円（600万円）、資金調達方法が「融資」と書かれています。資金調達の方法は、計画申請の時点で予定している方法を、「自己資金」「融資」「補助金等」のいずれかで書く、とされています。見本の数字であり、実際の機械の価格や、融資の有無を示すものではありません。

有機JASの認証を受けている場合は、簡略にできる

県の記載例には、有機JASの認証申請書を添付して、様式を簡略化する方法が示されています。この記載例では、有機JAS認証を受けた取組で、そのまま認定を受けることを想定して、1号認定（土づくりと、化学肥料や化学農薬の使用減少）のみを記載しています。ほかの取組も含めて認定を受ける場合は、通常のみどり認定の様式を使うなど、検討してほしい、と注記されています。

簡略化する場合に、添付する書類は、次のとおりです。

小林市のページには、通常の記入例に加えて、「記入例（有機JAS）」が別に載っています。有機JAS認証を、すでに受けている、または受ける予定の方は、この簡略様式を使えるかどうか、農業振興課に確認する価値があります。

認定を受けるときに、つまずきやすい点

資料に書かれた内容から、つまずきやすい点を整理しました。

最後の点は、見落としやすいところです。県の手続きのフローチャートには、認定後に、「実施状況報告」が出てくる箇所があります。報告の頻度や、様式の詳細は、この記事で読んだ資料には、書かれていません。認定を受けたあと、何をいつまでに報告するかを、申請の前に、農業振興課か、県の農業普及技術課に確認してください。

認定の件数は、どのくらいか。宮崎県と全国の状況

農林水産省の資料には、みどり認定を受けた生産者の数が、都道府県ごとに載っています。令和8年7月末時点の数字です。

資料には、令和5年度から、各都道府県による農林漁業者の計画認定が本格的に始まり、令和6年中に、すべての都道府県で申請ができるようになった、とも書かれています。宮崎県の169経営体は、全国の合計に比べると、少ない数字です。認定者が少ない地域では、申請書の書き方や、手続きの経験が、窓口にも蓄積されていない場合があります。事前相談に、時間をかけることが、重要です。

業種別の認定数も、資料にあります。令和7年3月末時点で、合計27,641経営体のうち、耕種が27,517経営体、畜産が86経営体、林業が39経営体です（うち1経営体は、耕種と畜産の両方で認定を取得）。認定は、耕種農業が、ほとんどを占めています。畜産向けの簡略版の手引きは、令和8年4月に、公開されています。

他の制度との違いと、組み合わせの考え方

みどり認定と、近い位置にある制度や、混同しやすい制度を、表にします。

特定区域の資料には、宮崎県のえびの市、宮崎市、綾町が載っています。小林市は、この資料の特定区域の一覧に、載っていません。小林市の農業者が、特定区域の措置を受けられるかどうかは、小林市の方針によります。通常のみどり認定は、特定区域に関係なく、県の基本計画に沿って申請できます。

認定のメリットを、いつ、どう生かすか

税制と、補助事業の優先採択の2つは、使うタイミングが異なります。

補助事業の申請を考えている場合は、認定を受けるまでに、審査の日数が必要なため、公募の締切までに認定が間に合うかを、逆算する必要があります。公募の時期は、事業ごとに異なります。小林市の農業振興課や、県の農業普及技術課に、現在公募中の事業や、これからの予定を、ご相談ください。

どんな農業者に向くか、向かないか

よくある質問

申請の前に、窓口で確認しておきたいこと

最後に、申請の準備を始めるときに、窓口に確認しておくとよい点を、表にまとめます。

みどり認定は、環境に配慮した農業への取組を、経営の強みに変えるための入口です。制度は、法律や告示、年度ごとの予算によって、内容が変わることがあります。申請する時点の最新の情報を、小林市の公式ページ（https://www.city.kobayashi.lg.jp/soshikikarasagasu/keizaibunogyoshinkoka/oshirase/11516.html）と、農林水産省のみどりの食料システム法のページで、ご確認ください。

ProdX Crowd編集部は、中小企業や小規模事業者の補助金探しと、申請準備を支援しています。月額10,000円、初期費用0円、成果報酬0円、最低契約期間なし、いつでも解約OKです。みどり認定に関連して、設備投資の補助金や税制を、比較して検討したい場合は、お気軽にご相談ください。