事業承継M＆A補助金 １６次公募のお知らせ（11/6〆）

事業承継・M&A補助金の16次公募は4つの枠に分かれる。親族・従業員への承継、M&A、M&A後の統合、廃業のどこにいるかで、見る枠が決まる

武雄商工会議所が2026年10月に載せた「事業承継M&A補助金 16次公募のお知らせ（11/6〆）」は、国の事業承継・M&A補助金の16次公募を知らせるものです。補助金です。融資でも税制でもなく、事業承継やM&Aに取り組む中小企業・個人事業主が使った経費の一部を、国が後払いで補助します。

この補助金の特徴は、1つの公募の中に4つの枠があることです。商工会議所の案内も、事業承継促進枠、専門家活用枠、PMI推進枠、廃業・再チャレンジ枠の順に、要件、対象、上限額、補助率を並べています。枠ごとに公募要領が別で、問合せ先の電話番号も違います。この記事は、4つの枠の違いを整理し、自社がどこを読めばよいかを決められるようにまとめました。

根拠にしたのは、事務局（事業承継・M&A補助金事務局）の公式サイト shoukei-mahojokin.go.jp に載る16次公募の資料です。各枠の公募要領（Ver.1.0、2026年9月）、各枠の説明会資料、全体のパンフレット、事業承継促進枠のよくある質問を読みました。確認日は2026年10月12日です。経済産業省・中小企業庁のページは編集部の環境では開けなかったため、事務局サイトの資料だけで確認しています。

最初に、4つの枠を一覧にします。

問合せの受付時間は、どの枠も9時30分から12時、13時から17時（土日祝日を除く）です。事務局は、枠ごとに電話番号が違うので、間違えないように、と公募要領に書いています。

武雄商工会議所の案内の数字は、公式資料のどの部分に当たるのか

案内は、4つの枠を短く要約しています。要約なので、公式の資料と見比べると、読み替えが必要な箇所があります。

この表で一番大事な点は、廃業・再チャレンジ枠の上限です。商工会議所の案内は150万円と書いていますが、事務局の資料では、単独の再チャレンジ申請は300万円までです。要約の違いで、案内が間違っているという意味ではありません。どちらの数字が自社に当てはまるかは、どの形で申請するかで変わります。

自社はどの枠を見ればよいのか。状況別の早見表

枠を選ぶときの基準は、事業承継の相手が誰か、M&Aが済んでいるかの2つです。

複数の枠を同時に申請できるかは、次の表のとおりです。

事業承継促進枠は、何を支えるのか

親族内承継や従業員承継をする会社のために、後継者が主導する設備投資、販路開拓、新商品開発などの経費を補助する枠です。補助率は、小規模事業者等なら2/3以内、それ以外は1/2以内。補助上限額は800万円で、従業員1人当たり給与支給総額を翌年度に3％以上引き上げることを誓約すると、上限が1,000万円になります。補助下限額は100万円です。

承継の定義がこの枠の肝です。法人は同じ法人内での代表者交代、個人事業主は承継予定者への事業譲渡だけが対象で、M&Aによる第三者への承継は対象外です。承継の実施期間は、公募申請の終了日（2026年11月6日）から5年後の2031年11月5日までと決められています。申請より前に承継が終わっていると対象外です。

事業承継促進枠だけでも、書くことが多い枠です。この記事では4つの枠を比べることに絞ったので、承継予定者の要件、対象外の経費、審査の観点、必要書類の詳細は、枠ごとの公募要領とよくある質問を読んでください。

専門家活用枠は、買い手、売り手、小規模売り手、100億企業特例で条件が違う

M&Aで、仲介業者やFA（ファイナンシャル・アドバイザー）などの専門家に払う費用を補助する枠です。16次公募では、4つの形があります。

売り手支援類型の補助率は、次の2つのどちらかに当てはまれば、1/2以内から2/3以内に上がります。

デューデリジェンス（DD）は、買い手が売り手の財務や法務を調べる作業で、財務、法務、税務、人事労務、知的財産、環境、不動産、ITなど、多くの種類があります。DDを実施すると、補助上限額が200万円加算されます。説明会資料は、次の計算例を示しています。

補助事業期間内にM&Aが実現しなかった場合は、上限が下がります。買い手・売り手の類型で300万円（原則補助対象にならないDD費用も経費として認められる）、小規模売り手支援類型で50万円です。反対に、廃業費の上乗せは、M&Aが補助事業期間内に実現した場合に限って対象になります。未成約のときは、基本合意書の写しと、未成約時追加報告書の提出が求められます。

経費が成立する時期にも注意が必要です。専門家との契約、最終契約、成功報酬の支払いが、補助事業期間（交付決定日以降から完了期限日まで）に入っているか、事務局の資料で整理されています。3つがすべて期間内にある場合が、補助対象になる形です。期間が始まる前に最終契約を済ませた案件は、覚書などで最終契約日を期間内にずらしても認められません。

M&Aが実現したとは、最終契約に基づいて株式や事業の引渡し、譲渡代金の支払いまで終わり、経営権や所有権の移転が完了したことをいいます。

仲介・FA費用には、見積の取り方にも決まりがあります。補助対象経費のうち、1件50万円以上の支払いは、原則として2者以上から見積（相見積）を取り、最低価格の者を選びます。例外として、次のどちらかなら、相見積を取らなくてもよく、その代わりに選定理由書などを出します。

条件2を仮の数字で計算します。譲渡額が3億円なら、3億円×5％＝1,500万円以下の見積なら、相見積が不要です。譲渡額が8億円なら、5億円×5％＝2,500万円に、残りの3億円×4％＝1,200万円を足した3,700万円以下です。

その他の要件も、確認しておきます。

PMI推進枠は、M&Aの後始末の費用と、統合の投資に分かれる

PMI（Post-Merger Integration）は、M&Aが成立した後の統合の作業です。経営方針や体制、業務、人事・会計・法務の制度、組織の文化を、2つの会社の間でそろえていきます。事務局の説明会資料は、M&Aの前に調べるデューデリジェンスの費用は専門家活用枠で、M&A後のPMIの費用はPMI推進枠で補助する、と整理しています。

PMI専門家活用類型の対象経費は、謝金、旅費、委託費です。説明会資料に出てくる対象の例を、分野ごとに整理します。

PMI専門家活用類型の対象にならない費用も、明記されています。FAや仲介の手数料、デューデリジェンス費用など、M&Aの成約に向けた委託費、説明会の開催や個別面談、主要な取引先への対応といった、統合の後の信頼関係づくりに関する専門家の支援費用、顧問契約の範囲内の対応、が挙がっています。

事業統合投資類型は、統合によって生まれた非効率を解消し、売上や利益を伸ばす見込みのある設備投資が対象です。工場や製造ライン、物流などの統合に伴う設備の導入や工事、業務統合の効率化のためのシステムの導入と最適化、販路の拡大のための看板制作などが例に出ています。5年間の事業計画で、付加価値額か1人当たり付加価値額が年3％以上伸びる計画が要ります。専門家に払うPMI費用は、この類型の補助対象にはならず、PMI専門家活用類型で申請します。

PMI推進枠には、申請の形が2つあります。

買い手がデューデリジェンスを実施すると、PMI推進枠の審査で加点されます。実施は必須ではありません。

廃業・再チャレンジ枠は、単独の申請と、他の枠への併用に分かれる

事業の廃業にかかる費用を支える枠です。他の枠と一緒に申請して上乗せする「併用申請」と、この枠だけで申請する「再チャレンジ申請」の2種類があります。

再チャレンジ申請には、次の3つの要件がすべて必要です。

廃業費の経費区分は、廃業支援費（司法書士の登記申請手続きの費用など。上限50万円）、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リースなどの解約費、土壌汚染調査費、移転・移設費（併用申請のみ）です。在庫を売って対価を得た場合は、処分費が補助対象経費から外れる点に注意してください。

申請者は、対象会社と、その支配株主または株主代表の共同申請が必須です（個人事業主は単独）。同じ内容で複数の申請者が申請して、実質的に同一と事務局が判断した場合は、全申請の補助額の合計が300万円までになります。

賃上げの扱いは枠によって違う

賃上げに関わる仕組みは、枠によって適用が変わります。

専門家活用枠や、PMI専門家活用類型、廃業・再チャレンジ枠には、上限の引き上げはありません。M&Aの費用を、賃上げと結び付けて引き上げる設計ではないためです。ただし、2％の賃上げの誓約による加点は、使えます。

賃上げの測り方は、補助事業が完了した日を含む事業年度を「基準年度」とし、その翌年度の従業員1人当たり給与支給総額の上昇率を見ます。公募申請の時点で、賃上げの目標を従業員や従業員代表者、役員に表明するのが条件です。

日程は、今日から逆算するとどうなるか

今日、10月12日から締切までは25日で、11月3日の祝日を除くと18営業日です。M&Aに関する枠では、申請の前に、専門家との契約や最終契約の時期を確かめておく必要があります。補助事業期間は交付決定日以降なので、交付決定の前に専門家と契約すると、その費用は補助対象外です。どの枠でも、見積や契約の順序は、見積、契約・発注、納品・検収、支払の順を守る必要があります。

今日から締切までの作業を、仮の日程で並べます。

事務局は、申請が締切の前日や当日に集中すると、不備を指摘して差し戻す作業を複数回できず、不備が直らないまま不採択になる可能性があると、公式サイトで知らせています。

申請の手続きは、どの枠でも共通のものがある

公募要領は、申請書類の作成を外部に頼む場合に、作業の実態から離れて高額な成功報酬を請求する業者に注意するよう書いています。申請書類の作成にかかった費用は、補助対象になりません。

これまでの採択の状況

事務局は、採択の件数を公式サイトに載せています。直近2回の件数は次のとおりです。割合は、編集部が公表の件数から割り算した概数です。

どの枠でも、約6割が採択されています。ただし、これは過去の回の数字で、16次の結果を約束するものではありません。廃業・再チャレンジ枠は、件数が少ないので、割合は出しません。

つまずきやすい点

向く会社、向かない会社

よくある質問

確認先

最終的な判断は、枠ごとの公募要領が基準です。

どの枠も、後払いの補助金で、先に払う資金が必要です。要件を満たしていても、交付決定の前に契約や発注をすると、補助対象になりません。ProdX Crowd編集部は、公式の資料に出ている日付と数字を確認したうえで、記事にしています。自社の状況がどの枠に当たるかを決めるところから、始めてみてください。ほかの補助金の一覧は、補助金検索から探せます。