「事業承継・M＆A補助金」（16次公募）のお知らせ

事業承継促進枠は、5年以内に親族か従業員へ代表を交代する予定の会社が、後継者主導の設備投資などに使う補助金。上限は800万円、賃上げを誓約すると1,000万円

倶知安商工会議所が2026年9月に会員向けに載せた「【経済産業省】『事業承継・M＆A補助金』（16次公募）のお知らせ」は、この補助金のうち事業承継促進枠を紹介したものです。補助金です。融資や税制の話ではなく、後継者が中心になって行う設備投資、販路開拓、新商品開発などの経費の一部を、国が後払いで補助します。

この記事は、商工会議所の案内を入口にして、事務局（事業承継・M&A補助金事務局）の公式サイト shoukei-mahojokin.go.jp に掲載された16次公募の公募要領（Ver.1.0、2026年9月）、事業承継促進枠の説明会資料、よくある質問を読んで書いています。確認日は2026年10月12日です。経済産業省・中小企業庁のページは編集部の環境では開けなかったため、事務局サイトの資料だけを根拠にしました。

まず、制度の骨格を表で確認します。

この記事を書いている10月12日の時点で、締切の11月6日まで25日です。祝日（11月3日）を除いた営業日で数えると18営業日しかありません。申請には認定経営革新等支援機関の確認書や、3期分の決算書など、すぐには揃わない書類があります。日程は後の章で逆算します。

倶知安商工会議所の案内は、公式資料とどこまで一致しているのか

案内の文面と、事務局の公募要領を突き合わせました。会員向けの短い案内は、要点だけを並べたものです。違う点が出る原因は、要約したことにあります。誤りというより、省略です。

案内の最後にある問合せ先、事業承継・M＆A補助金事務局（事業承継促進枠）の電話050-3192-6274は、公募要領と説明会資料の記載と同じでした。受付時間は9時30分から12時、13時から17時（土日祝日を除く）です。

いくら補助されるのか。補助率と上限の組み合わせを計算で見る

金額の決まり方は、補助率の区分、上限額、賃上げの有無、廃業費の併用の4つで整理できます。

補助率と上限額のどちらが先に効くかは、経費の大きさで決まります。次の表は、仮の数字で計算した例です。経費は税抜、消費税は含みません。

補助額は、補助対象経費に補助率をかけた額が、上限額を超えない範囲で決まります。下限の100万円を下回る申請は、交付申請の時点で受け付けられません。経費が少ない投資だけで申請しても、制度に乗れない場合があるということです。

もう1つ大事なのは、公募申請の時点で計上した経費の合計が、経費の上限になることです。よくある質問は、公募申請のときは見積書がなくても概算で出せる、ただし後から経費を増やせないと説明しています。見積書は、採択後の交付申請のときに出します。大きめに見込んでおき、交付申請で削る方が安全です。

賃上げをしなくても使えるのか。賃上げの3つの顔

商工会議所の案内は、賃上げを要件としない点を強調しています。公募要領を読むと、賃上げは3つの場面に出てきます。どれも任意で、やるなら中身を理解してから選ぶ制度です。

賃上げの測り方も押さえてください。補助事業が完了した日を含む事業年度を「基準年度」とし、基準年度の従業員1人当たり給与支給総額と、翌年度の同額を比べて上昇率を出します。給与支給総額は、給料、賞与、各種手当（残業手当、休日出勤手当、職務手当、地域手当、家族手当、住宅手当など）で、給与所得として課税対象になる経費の総額です。従業員にはパートやアルバイトなどの非正規も含みます。会社役員と同居の親族は含みません。対象は、30日以上前の解雇予告が必要な従業員で、その事業年度に全月分の給与を受けた人です。

公募申請の時点でするべきことは、3％以上の賃上げを行う計画を従業員か従業員代表者、役員に表明し、誓約書と表明書を出すことです。天災や、事業者の責めに帰さない理由があれば返還を求められませんが、売上が思わしくなかったから、というのは理由に含まれません。

賃上げを考えるときの実務上の目安を、仮の数字で示します。従業員1人当たり給与支給総額が基準年度に420万円の会社が3％上げると、翌年度は432万6千円です。従業員が8人なら、年間の人件費は約100万8千円増えます。上限が200万円増えること（最大）と見比べて、5年続く人件費の増加を負担できるかを、先に確かめてください。補助金のために無理に上げた賃金は、翌年に下げられません。

誰が申請できるのか。申請者の条件を順に確認する

申請者は、被承継者（今の経営者）側の会社や個人事業主です。後継者が新しく作る会社ではありません。原則として、公募申請の時点で事業承継を終えていないことが前提です。

申請できるのは、同一の公募回で1者につき1申請が原則です。反社会的勢力との関係が判明したときは、交付決定が取り消されます。

「事業承継」として認められるのは、どんな承継か

この枠の肝は、承継の定義です。事務局のよくある質問は、はっきり書いています。M&Aによる第三者への承継は、この枠の対象ではありません。法人は同じ法人の中での代表者交代、個人事業主は承継予定者への事業譲渡だけが認められます。

承継予定者（後継者）の要件を、法人と個人事業主に分けて表にします。

ここでいう親族は、民法に定める六親等内の血族、配偶者、三親等内の姻族です。親族であれば、個人事業主の承継では、その事業で働いた経験がなくても要件を満たします。

実質的に事業承継とみなされない例も、公募要領に挙がっています。次のものは、原則として補助対象外です。

後継者の個人ではなく、後継者が持つ会社（持株会社）に株式を譲る形は「HD承継」と呼ばれ、次の条件を満たせば対象になります。被承継者の前代表者がその会社に出資していないこと、後継者個人がその会社の議決権の2/3超を持つこと、その会社が申請法人の株式を100％保有すること、などです。税務や相続との関係を含めて、事前に設計が要ります。

補助対象事業と補助対象経費は、どこまで認められるのか

補助事業は、後継者が主導して、被承継者から引き継ぐ経営資源を生かし、5年間の計画で付加価値額（または1人当たり付加価値額）を年平均3％以上伸ばすことを含む事業です。付加価値額は、営業利益と人件費と減価償却費の合計です。

仮の数字で見ます。付加価値額が現在6,000万円の会社が、年3％で伸びる計画を立てると、5年後は約6,956万円です。この計画が実現する見込みが高いことを、認定経営革新等支援機関が確認し、確認書を出します。補助事業が終わってからも、事業化状況報告で達成状況が確認されます。

公募要領が経費として認めない例も、ここで挙げておきます。

支払い方法にも決まりがあります。補助事業者の名義による口座からの銀行振込、またはクレジットカードの1回払いだけです。手形や現金払い、他人名義の支払いは、事実があっても経費として認められません。補助金の入金口座も、経費の支払いに使った申請者名義の口座に限られ、請求後は変更できません。

審査では何が見られるのか。審査の流れと加点

審査は、資格審査と書面審査の2段階です。資格審査は、申請者や事業が公募要領の要件に合っているかを全申請で確認します。通った申請が、外部有識者を含む審査委員会による書面審査に進みます。

採択された件数は、事務局が公式サイトで公表しています。直近の2回は、次のとおりです。ここでいう割合は、公表された申請件数と採択件数から編集部が割り算したものです。

約6割という数字は、過去2回の実績です。16次の結果を約束するものではありません。審査結果の理由は、事務局に問い合わせても答えてもらえない取扱いです。

加点事由は、公募要領に13項目あります。該当すれば審査で加点され、証明書類を出します。主なものを表にします。

事業承継計画書の策定支援を受けて加点を得る方法は、公募要領に載っています。ただし、よくある質問は、策定に少なくとも3か月程度かかると書いています。今日から11月6日までは25日なので、この回に間に合う加点ではありません。次の公募回を狙うなら、いま始めても遅くありません。

反対に、経営革新計画などの認定は、すでに持っていれば証明書類を出すだけです。公募申請の時点で計画期間が終わっていると加点の対象外になります。

申請から入金までの日程。今日から逆算するとどうなるか

公式資料にある予定の日付を、時系列に並べます。

採択と交付決定は別のものです。よくある質問も、採択は交付申請をする権利を与えるもので、交付決定とは違うと説明しています。交付決定の前に発注した設備は、補助対象になりません。倶知安商工会議所の案内にも、交付決定後の取組が対象になると書かれていました。工事や機械の発注を前倒ししたくなる場面は多いのですが、採択を待ってください。

申請期日の5営業日前を推奨する理由は、公式サイトの申請手続きのページに書かれています。申請が締切の前日や当日に集中すると、事務局が不備を指摘して差し戻す作業を複数回できず、不備が直らないまま不採択になる可能性があるからです。差戻しを使うには、10月29日までの提出が目安です。

今日から締切までの作業の割り振りを、仮の日程で示します。

申請に必要な書類は何か

提出は原則PDFで、Jグランツに添付します。複数のファイルは、パスワードなしのZIPにまとめて一度に上げられます。

申請の作成を外部に頼むときの注意は、公募要領の冒頭にも書かれています。作業の実態から離れて高額な成功報酬を請求する悪質な業者に注意するように、という記載です。申請書類の作成にかかった費用は、補助対象にもなりません。

採択後に待っている手続きと義務

補助金は、事業が終わって精算してから払われます。先に払う資金が必要です。補助金を後払いで受け取るまでの間の資金計画は、早い段階で金融機関などに相談するように、と公募要領も勧めています。

補助金は、会計上、交付を受けた事業年度の収益になります。法人税などの課税の対象です。補助金を受け取った年は、利益が増える形になる点も、資金計画に入れてください。

事業承継促進枠で、つまずきやすい点

この補助金が向く会社、向かない会社

同じ事務局の他の枠と、どう違うのか

事業承継・M&A補助金には、事業承継促進枠のほかに、専門家活用枠、PMI推進枠、廃業・再チャレンジ枠があります。それぞれ、公募要領が別です。事業承継促進枠は、親族内や従業員への承継という「家の中の承継」を想定し、設備投資などを支える枠です。

同一の公募回で、事業承継促進枠は、専門家活用枠やPMI推進枠と同時に申請できません。廃業・再チャレンジ枠との併用申請だけが認められます。

他の国の補助金との関係にも注意が必要です。公募要領は、同一または類似の内容の事業で、国の他の補助金や助成金の交付を受けている、または受けることが決まっている場合は、この補助金を使えないと定めています。令和8年9月時点の例示として、デジタル化・AI導入補助金、小規模事業者持続化補助金、事業承継・M&A補助金、Go-Tech事業、新事業進出補助金、中小企業省力化投資補助事業などが挙がっています。賃上げ加点の未達による減点は、これらを含む中小企業庁所管の補助金の審査に影響します。同じ設備を別の補助金にも出していないか、申請前に経費の一覧を作って確認してください。補助金の一覧は、補助金検索から探せます。

よくある質問

確認先

最終的な判断は、公募要領と事務局の回答が基準です。次の窓口で確認できます。

事業承継の前後は、経営者の頭の中の整理に時間がかかります。補助金の申請は、その整理の途中にある節目の1つです。ProdX Crowd編集部は、制度ごとに公式の資料を読み、数字と日付を確認してから記事にしています。期限が近いこの制度は、まず自社が申請資格に当てはまるかだけでも、今日確認してみてください。