食料システム法計画認定制度

食料システム法の計画認定は、補助金そのものではなく、税制や補助事業の優遇につながる「農林水産大臣の認定」

食料システム法計画認定制度は、お金が直接振り込まれる補助金ではありません。食品の製造・卸売・小売・外食を営む事業者が、「持続可能な食料供給」に資する取組を事業活動計画にまとめ、農林水産大臣の認定を受ける制度です。認定を受けると、税制の特例や、農林水産省の一部の補助事業での優遇（認定を応募の要件とする、審査でポイントを加算する、など）を活用できる道が開けます。

この記事を書いているProdX Crowd編集部は、制度の位置づけを最初にはっきりさせておくことが大切だと考えています。この制度は「認定制度」です。認定されること自体に給付金は付きません。認定は、ほかの支援を使うための入口、あるいは自社の取組を対外的に示す看板として働きます。

内容は、農林水産省の「食料システム法計画認定制度」のページ、同省の申請の手引き（2026年7月版）、Q&A（令和8年7月版）、令和7年度補正予算・令和8年度予算概算決定の「補助事業の優遇措置」資料を読んで整理しました。認定に伴う支援・特例措置のうち、融資や債務保証などの金融面の措置は、このサイトでは扱わない方針のため、ここでは説明しません。税制、補助事業での優遇、認定マークなどに絞ります。

最初に、制度の骨格を表にします。

4種類の事業活動計画は、何がどう違うのか

認定の対象は、次の4種類です。1つの計画で複数を同時に申請することもできます。ただし、目標・目標値・内容・「寄与する程度」は、事業活動ごとに分けて書く必要があります（Q&A 2-8、2-9）。

手引きは、研究開発や事業再編（株式取得など）も、この4つに関連する取組として位置づければ認定の対象になるとしています。例として、環境負荷低減に関連する代替タンパク食品の開発や、地元農家と連携する豆腐製造業者の株式取得が挙げられています。省力化投資、標準化・デジタル化、フードテック、事業承継も、4つの事業活動の中の取組として位置づければ対象になります（Q&A 1-7）。

対象品目に制限はありません（Q&A 1-10）。「国産でなければ」「特定の品目でなければ」といった絞り込みはなく、食品等の製造、加工、流通、販売の事業を行う者であれば、計画の中身で勝負する制度です。

認定を受けると何ができるのか。金融以外の柱は3つ

手引きの「特例措置等一覧」には、金融・税制・技術・手続きの特例が並んでいます。このサイトでは融資・債務保証に当たるものは扱わないため、それ以外の主な柱を整理します。

このほか、カーボンニュートラル投資促進税制（環境負荷低減事業活動のみ。産業競争力強化法の事業適応計画の認定要件を満たすことが条件）や、事業再編時の登録免許税の軽減、会社法の手続き緩和などの特例も用意されています。いずれも、それぞれの要件を満たす場合に限られ、要件は特例ごとに違います。

食料システム法の認定で受けられる中小企業経営強化税制は、中小企業等経営強化法の経営力向上計画の認定で受けられる税制と、要件・内容に違いはありません（Q&A 3-4）。食料システム法の窓口で、認定と税制の特例の手続きをまとめて進められる、という位置づけです。一方で、経営力向上計画の認定で受けられる事業承継等に係る不動産取得税の特例や、中小企業事業再編投資損失準備金は、食料システム法の特例には含まれません（Q&A 3-5）。

税制の特例は、どんな設備なら対象になり、いくら控除されるのか

中小企業経営強化税制は、設備の種類（類型）ごとに要件が異なります。手引きの一覧を表にまとめます。

注意点を手引きから抜き出します。事務用器具備品、本店・寄宿舎等に係る建物附属設備、福利厚生施設に係るものは、対象になりません。中古資産や貸付資産でないこと、国内への投資であることも要件です。E類型の細部（前年度売上高10億円超90億円未満、最低投資額1億円または前年度売上高の5％以上、賃上げ率2.5％または5.0％以上、設備投資総額の上限60億円など）は、手引きに詳しく書かれています。表は手引きの一覧を簡略化したものです。実際に使うときは、手引きの該当ページと税理士の確認で、類型ごとの要件を確かめてください。

税制の適用は、認定を受けただけでは足りません。手引きは、「税務の要件（取得価額や事業の用に供する等）を満たさない場合は、税制の適用が受けられない」と明記しています。

税制の特例を使うときに、事前に何を用意するのか

A類型とB・D・E類型では、事前に必要なものが違います。

B・D・E類型では、導入者の企業規模にかかわらず、公認会計士または税理士の確認が必要です（会計監査人や顧問税理士でなくても可）。経済産業局への提出前には、事前連絡（予約）が求められます。税務申告の際は、工業会証明書または確認書、認定申請書一式、認定通知書の写しを添付します。

Q&A 2-5は、税制の特例を使う場合は準備する書類が多いので、地方農政局等に早めに事前相談するよう求めています。税制の特例を考えるなら、設備の発注前に動き出すことが前提です。

補助事業の優遇とは、具体的にどういうことか

令和7年度補正予算と令和8年度予算概算決定の資料では、認定を受けた事業者への優遇が3つの形で整理されています。

令和8年度予算概算決定の資料（2026年4月）から、事業名と対象になる計画の種類を表にします。金額や補助率などは、事業ごとに違うため、ここでは書きません。応募前に、各事業の公募要領を確認してください。

この一覧から読み取れることが2つあります。ひとつは、「流通合理化」と「安定取引」の計画が、補助事業との結びつきが強いことです。もうひとつは、計画の種類によって、使える補助事業がかなり違うことです。計画の種類を選ぶ段階で、将来応募したい補助事業の対象計画を確認しておくと、認定後の動きが滑らかになります。

一例として、持続可能な食品等流通総合対策事業の概要には、標準パレットの導入、デジタル化・データ連携、ラストワンマイル配送の取組、中継共同物流拠点の整備などが並んでいます。この事業の事業目標は、飲食料品卸売業の売上高に占める経費の割合を12.4％（令和5年度実績）から10％（令和12年度まで）に削減することです。事業の流れは、国から民間団体等へ、さらに食品流通業者等で構成される協議会などへ、という形で、補助率は定額または1/2以内、中継共同物流拠点の整備は4/10以内または1/3以内と資料に書かれています。ただし、これは令和8年度予算の概算決定時点の資料です。実際の公募の内容や、認定が要件かどうかは、各事業の公募要領で確認してください。

みなし措置は、強い農業づくり総合支援交付金（食料システム構築支援タイプ）などの申請に必要な「食料システム構築計画」の承認が、安定取引関係確立事業活動計画の認定でカバーされる仕組みです。ただし、別添9に、対象品目とそのニーズの分析、事業者と農業者の連携による課題、取組内容など、食料システム構築計画の趣旨に沿った内容を書く必要があります（Q&A 10-4）。

相談・申請の窓口は、どこで、誰に連絡するのか

窓口は、申請者の住所地（主たる事務所の所在地）を管轄する地方農政局等です。手引きに掲載されている連絡先を表にします。

北海道農政事務所の電話番号は、手引き（PDF）と農林水産省のウェブページで表記が異なります。ウェブページ側の番号を掲載しましたが、連絡前に最新のページで確認してください。

次の場合は、地方農政局等ではなく、農林水産省 新事業・食品産業部 食料システム連携推進室（03-3502-8051）が窓口になります。

メールアドレスは、迷惑メール対策として「＠」が「★」と表記されています。実際に連絡するときは、農林水産省のページで、正しい宛先を確認してください。

申請書には、何を、どのくらい具体的に書くのか

必須の書類は、別記様式第1号（認定申請書）と別記様式第2号（事業活動計画）です。法人の場合は、定款またはこれに代わる書面、最近2期間の事業報告書・貸借対照表・損益計算書（書類がない場合は、最近1年間の事業内容の概要）も添付します。特例を使うなら、特例ごとの別添書類が加わります。

別記様式第2号には、手引きの記載例と「記載のポイント」が付いています。主な記載事項と、手引きが示す注意点を表にします。

記載例では、国産原材料を用いた食品の製造量を、現状0.5トン/年から計画終了時に2.0トン/年にする（変化率300％）という目標値が示されています。これは、手引きの記載例の数字です。実際の目標値は、自社の事業に合わせて設定します。

特に注意したいのが、「寄与する程度」の欄です。手引きは、自社事業の持続性に寄与するという内容のみでは、認定基準を満たさないおそれがあると書いています。取引先の農林漁業者・産地の収入の安定化、食品産業全体の効率化・生産性向上、環境負荷の低減、消費者の利益の増進など、自社の外にまで届く効果を書く必要があります。

審査では、何が見られるのか

Q&A 2-12は、認定の基準を2層で示しています。まず、次の3つのすべてに適合する必要があります。基本方針に照らして適切なこと、確実に実施されることが見込まれること、農林漁業及び食品産業の成長発展並びに一般消費者の利益の増進に寄与すること、です。そのうえで、審査では次の7点が確認されます。

設備や機械の導入は必須ではありません（Q&A 2-16）。設備投資のない計画でも、上の要件に適合すれば認定を受けられます。また、支援・特例措置を使う予定がなくても、申請はできます（Q&A 2-17）。

手続きの流れと、いつまでに動くべきか

流れは、事前相談、申請、審査、認定・公表、計画の実施、の順です。手引きは、事前相談を「必ず」行うよう書いています。

日程を逆算するうえで最も大事なのが、Q&A 2-14と2-15です。計画に位置づける取組は、認定を受ける前に実施すると、支援・特例措置の対象になりません。設備を計画に含める場合、設備の取得（引き渡し）や施設の着工（工事の開始）までに認定を受ける必要があります。契約済みでも、認定日までに取得や着工が行われていなければ、特例の対象になるとされています。判断に迷う場合は、窓口に確認してください。

仮の数字で、逆算の例を示します。設備の引き渡しを2027年1月中旬と見込む事業者が、税制の特例を使うとします。審査の目安は申請から45日ですので、遅くとも2026年11月中には申請を済ませたいところです。ただし、B・D・E類型では、公認会計士・税理士の確認書や、経済産業局での手続き（説明から概ね1か月以内に確認書が発行されます）が先に必要です。実際には、その1か月以上前から動き出すことになります。上の日付は、あくまで仮の数字です。

認定を受けたあと、何をしなければならないのか

認定後の義務を表にします。

目標を達成できなかっただけで不利益を受けないというのは、安心材料です。一方で、毎年度の進捗確認と報告は欠かせません。実施期間が最長5年ですので、その間、報告の担当者を社内で決めておくと、抜けを防げます。

認定マークは、何のために、どう使うのか

認定を受けた事業者は、認定マークを使えます。Q&A 11の内容を整理します。

マークの使い道は、取引先や消費者に、取組の裏づけを示すことです。ただし、「品質を保証するマーク」ではありません。個別の商品やサービスの品質を保証するかのような使い方は、不適切な使用に当たります。パッケージに載せる場合は、認定を受けた事業活動計画に基づく商品であることを確認してください。

向く事業者、向かない事業者

この制度は、計画の中身を文章と数値で組み立てられる事業者に向きます。向く場合と向かない場合を表にします。

農林漁業者は、食品等事業者に当たる場合は申請主体になれる場合があります（Q&A 2-3）。農林水産物の生産に加えて、食品等の製造・加工・流通・販売を行っているケースです。該当するかどうかは、窓口に相談してください。

似た制度との違いは、どこにあるのか

手引きでは、特例措置を通じて、ほかの計画認定制度とつながっています。食料システム法の認定を、他制度と混同しないための整理です。

食料システム法の認定は、これらを一つの窓口でまとめて申請できるようにしたものです。税制だけを使いたい場合は、経営力向上計画の認定を直接受ける方法もあり、どちらが自社に合うかは、取組の中身と、ほかの特例を併せて使うかで決まります。

つまずきやすい点

次の点は、手引きやQ&Aの記載から、実務でつまずきやすいと考えられるところです。

よくある質問

Q. 認定を受けると、お金がもらえますか。A. この制度自体に給付金はありません。税制の特例や、補助事業での優遇（認定が応募の要件になる、審査で加点される）につながります。補助事業の金額や採否は、各事業の公募・審査で決まります。

Q. 申請期限はありますか。A. 受付は通年です（Q&A 2-4）。ただし、事前相談と審査に時間がかかるため、余裕を持って相談するよう求められています。審査の目安は、申請時点から原則45日です。

Q. 計画の実施期間は、どのくらいにすればよいですか。A. 原則5年以内です。開始は申請日以降にします。税制の特例を使う場合は、対象機械・装置の耐用年数に照らした期間にします（Q&A 2-11）。

Q. すでに取り組んでいることも、対象になりますか。A. 既に実施中の取組に加えて、新たに持続的な供給に資する取組を行う場合は対象です。社内で決定済みで、これから実施する取組も対象になります。ただし、特例措置の対象になるのは、認定後の取組のみです（Q&A 2-23）。

Q. 書類は郵送ですか。A. 原則メールです。やむを得ない場合は郵送も可能なため、窓口に相談します（Q&A 2-6）。

Q. 認定された計画は公表されますか。A. 計画の概要が、農林水産省のウェブページで公表されます（Q&A 2-24）。申請書の確認事項に、公表への同意が含まれています。

Q. 目標を達成できなかったら、認定は取り消されますか。A. 目標未達のみを理由とする取消しはありません。ただし、悪質と認められる場合は取消しもあり得ます。未達の原因は、実施状況報告で分析して書きます（Q&A 2-20）。

Q. 農林漁業者と共同で申請できますか。A. 申請できるのは食品等事業者ですが、取引先の農林漁業者や研究開発を行う者の取組を、別紙1・別紙2で合わせて申請できます（特例措置を使わない場合、別紙の提出は不要。Q&A 2-26）。

問い合わせ先

制度全般は、農林水産省 大臣官房 新事業・食品産業部 企画グループ（代表03-3502-8111 内線4012、ダイヤルイン03-6744-2054）です。計画の相談・申請は、住所地を管轄する地方農政局等（前掲の表）、または食料システム連携推進室（03-3502-8051）に連絡します。申請書式、手引き、Q&A、事務取扱要領、基本方針、認定された計画の一覧は、農林水産省の「食料システム法計画認定制度」のページ（https://www.maff.go.jp/j/shokusan/keikaku/gaiyou.html）から入手できます。

なお、本記事は2026年10月時点で確認できた資料にもとづきます。手引き、Q&A、優遇措置の資料は、更新されることがあります。申請の前に、農林水産省のページで最新版を確認してください。