食料システム法計画認定制度

食料システム法の計画認定は、補助金ではなく「農林水産大臣の認定」を入口に、税制や設備利用、補助事業の優遇をまとめて使えるようにする制度

食料システム法計画認定制度は、食品製造業者、食品卸売業者、食品小売業者、外食業者などの「食品等事業者」が、持続的な食料供給に役立つ取組を計画にまとめ、農林水産大臣の認定を受ける仕組みです。お金が直接振り込まれる補助金ではありません。認定を受けると、あらかじめ用意された特例措置を利用できるようになり、国の補助事業のなかには、認定を申請の条件にしたり、審査で優先やポイント加算をしたりするものがあります。

この記事は、農林水産省が公開している制度ページ、申請の手引き（2026年7月版）、Q&A（令和8年7月版）、認定計画の一覧（令和8年9月30日時点）を読み、編集部が2026年10月12日に確認した内容で書いています。J-Net21の掲載（2026年7月23日掲載）が入口ですが、制度の中身は農林水産省の資料に基づきます。なお、認定を受けると使える措置のうち、日本政策金融公庫の融資や債務保証など資金を借りる性格のものは、このサイトの掲載対象外のため、中身には触れません。税制、設備の利用、補助事業での優遇、認定マークを中心に整理します。

まず、制度の骨格を表にします。

この法律は、何を二本柱にしているのか

食料システム法には、2つの柱があります。ひとつは、食品等事業者の取組を後押しする「事業活動の促進」です。もうひとつは、取引の公正さを高める「食品等の取引の適正化」です。計画認定制度は前者に当たります。

農林水産省の資料は、背景として、国産農林水産物の6割以上が食品産業による製造や加工を経て消費者に届くこと、食品産業が農林漁業者と消費者をつなぐ役割を持つことを挙げています。原材料や生産資材の価格が上がるなかで、食料を持続的に供給するには、食品産業の事業活動を促すことと、供給に必要な費用を考慮した価格形成を進めることを、表裏一体で進める必要があるという考え方です。

この記事の主題は前者、つまり認定制度です。後者は、認定を受けるかどうかにかかわらず、食品等事業者と農林漁業者の取引に関わる決まりです。取引の場で、仕入れ価格の見直しを求められたり、求めたりする立場の方は、農林水産省の食料システム法のページで最新の運用を確認してください。

認定の対象になる4つの事業活動計画は、どう違うのか

認定の対象は、次の4つの事業活動に関する計画です。1つの申請で複数の計画をまとめて出すこともできます。ただし、その場合、目標、目標値、内容、寄与の程度は、事業活動ごとに分けて書くことになります。

どの計画に当てはまるか迷う場合、Q&Aは「申請内容に該当するものを選ぶ」とし、複数に関係するなら複数を選んで申請できると説明しています。編集部の見立てでは、設備投資を伴う案件は、投資の目的を一文で言い表せるかが選び分けの目安です。国産原料へ切り替えるための製造ライン増設なら安定取引、冷蔵能力を高めるなら流通合理化、残渣処理設備なら環境負荷低減、というぐあいです。

研究開発、省力化、事業承継、事業再編も認定の対象になるのか

Q&A（1-7）は、省力化投資、サプライチェーン全体での標準化やデジタル化、研究開発、フードテックビジネス、円滑な事業承継、事業再編による経営基盤の強化などを、4つの事業活動のなかで行う取組として位置づければ、認定の対象になると答えています。研究開発を行う場合は、食品等事業者以外の者と連携することもできます。資料に出てくる例は、環境負荷低減に関連して行う代替タンパク食品の開発（研究開発）と、安定取引関係に関連して行う、地元農家と連携する豆腐製造業者の株式取得（事業再編）です。

設備や機械の導入は、計画に必ず含める必要はありません。Q&A（2-16）によれば、設備導入のない計画でも、基本方針に照らして適切であること、確実に実施されると見込まれること、農林漁業と食品産業の成長発展や消費者の利益に寄与することの3つに適合すれば認定を受けられます。特例措置を使う予定がなくても、申請そのものはできます（2-17）。

認定を受けると、何が使えるのか

認定を受けた後に使える措置の全体像です。資金を借りる性格の措置は、このサイトの掲載対象外なので、存在の紹介にとどめます。

中小企業経営強化税制は、どの設備なら使えるのか

特例のうち、設備投資をする食品事業者にとって最も具体的なのが、中小企業経営強化税制です。青色申告書を提出する中小企業者等が、認定を受けた計画に基づいて対象設備を新たに取得し、事業の用に供したとき、税額控除または特別償却（即時償却）を選べます。中小企業等の範囲は、資本金1億円以下の法人、資本または出資を持たない法人のうち常時使用する従業員が1,000人以下のもの、従業員1,000人以下の個人、協同組合等です。

農林水産省の資料は、設備の類型をA、B、D、Eに分けています。

特例の中身は、A、B、D類型では、新規取得等の際に取得価額の10%の税額控除（資本金が3,000万円を超える場合は7%）、または即時償却です。E類型では、税額控除は賃上げ率に応じて、賃上げ5%以上で2%、2.5%以上5%未満で1%、特別償却は賃上げ5%以上で25%、2.5%以上5%未満で15%と示されています。対象となる設備投資総額の上限は60億円です。中古資産や貸付資産は対象になりません。国内への投資である必要があります。

Q&A（3-4）は、食料システム法の認定で受ける中小企業経営強化税制と、中小企業等経営強化法の経営力向上計画の認定で受ける同税制とで、認定要件や税制措置の内容に違いはないと答えています。食料システム法の認定は、その意味で、ワンストップで特例をまとめて使える入口という位置づけです。一方、経営力向上計画の認定で受けられる不動産取得税の特例や事業再編投資損失準備金は、この認定制度の措置には含まれません（3-5）。

税額控除を使うときの計算の例（仮の数字）

仮に、冷蔵設備の機械装置を取得価額1,000万円で購入し、A類型の要件を満たしたとします。資本金が3,000万円以下の会社なら、税額控除は取得価額の10%で100万円です。資本金が3,000万円を超える会社なら7%で70万円です。ここで示すのは、資料に書かれた控除率を仮の取得価額に当てはめた計算の考え方です。実際に控除できる金額には、税法上の限度や他の要件があるため、顧問の税理士に確認してください。

カーボンニュートラル投資促進税制と登録免許税の軽減は、どんなときに使えるのか

環境負荷低減事業活動計画で認定を受け、生産工程の脱炭素化と付加価値向上を両立する設備を入れるとき、カーボンニュートラル投資促進税制の特例が使えます。中小企業者等の場合、炭素生産性（付加価値額÷エネルギー起源二酸化炭素排出量）を3年以内に10%以上向上させることが要件です。設備を入れる前後で、事業所の炭素生産性が1%以上向上する設備であることも求められます。

対象設備は、機械装置、器具備品、建物附属設備、構築物です。照明設備と対人空調設備は除かれます。仮に、取得価額2,000万円の設備を入れ、炭素生産性を22%以上向上させる中小企業者等なら、税額控除は200万円（仮の数字）、17%以上22%未満なら100万円（仮の数字）という計算になります。この税制は、産業競争力強化法の事業適応計画の認定要件を満たす必要があり、申請の前に農林水産省の窓口へ相談する必要があります。

事業再編のときは、登録免許税の軽減があります。資料に示された税率を表にします。

たとえば、増資で増える資本金の額を仮に1億円とすると、通常の税率0.7%なら70万円、特例の0.35%なら35万円という計算になります（仮の数字）。ただし、要件として、計画の終了年度に修正ROICが2%向上するなど、一定の指標の達成見込みが必要です。

事前に準備する書類は、類型ごとにどう違うのか

税制特例を使うには、認定の申請の前に、類型ごとの書類をそろえておく必要があります。ここが、この制度で最も時間がかかりやすい部分です。

手引きの図は、設備を取得する前に認定を受けておく必要があること、事業年度の末までに設備を取得して事業の用に供し、その後に税務申告で特例の適用を受ける流れを示しています。E類型は、確認申請書の申請日と事業活動計画の申請日が同一事業年度である必要があるほか、供用事業年度の給与増加割合に関する報告を経済産業局に出すことも求められます。

補助事業での優遇は、どんな事業にあるのか

農林水産省は、令和7年度補正予算と令和8年度予算（概算決定）のそれぞれで、計画認定を優遇の条件にしている補助事業の一覧を公表しています。優遇には、認定を事業の要件にするもの、認定者を優先採択するもの、審査でポイント加算するものがあります。

この表は、一覧の全部ではなく、編集部が読んだ範囲の抜粋です。事業ごとに、対象になる計画の種類（たとえば流通合理化事業活動のみ、など）が決まっています。補助事業の公募内容や補助率は、各事業の公募要領で確認してください。

Q&A（2-1）には、窓口についての重要な注意があります。補助事業のうち、認定を要件にしているもの（安定取引関係確立事業活動を除く）の経費を見込んで申請する場合、窓口は地方農政局ではなく、農林水産省の食料システム連携推進室になります。補助を狙う計画は、最初の相談先が変わる点に気をつけてください。

誰が申請できるのか

申請できるのは、食品等の製造、加工、流通または販売の事業を行う者です。具体的には、食品製造業者、食品卸売業者、食品小売業者、外食業者などです。品目は限定されていません。農林漁業者は、原則として申請主体にはなれませんが、農林水産物の生産に加え、食品の製造、加工、流通、販売などを行っている場合は、食品等事業者に当たり申請できることがあります（Q&A 2-3）。判断に迷う場合は、窓口に相談します。

申請者は1社でなくてもかまいません。複数の食品等事業者が共同して申請する場合は、申請書に、代表者のほか共同の申請者の情報を書きます。3者以上なら、欄を足します。取引先の農林漁業者や、研究開発を担う者の取組内容を、あわせて申請することもできます。その場合の書類が、別紙1（農林漁業者）と別紙2（技術の研究開発を行う者）です。ただし、特例措置を使わない場合は、別紙の提出は不要です（2-26）。

申請から認定までは、どう進むのか

手引きの流れを、時間の順に表にします。

窓口は、管轄の地方農政局等です。手引きと制度ページに載っている連絡先を表にします。

次の6つのケースは、地方農政局ではなく、食料システム連携推進室が窓口になります。

計画書には、何を、どの粒度で書くのか

申請書は、別記様式第1号（認定申請書）と別記様式第2号（計画の内容）が必須です。添付資料は、法人なら定款またはこれに代わる書面、直近2期間の事業報告書、貸借対照表、損益計算書です。手引きには、記載例と記載のポイントが16個示されています。そのうち、審査に直結する部分を整理します。

手引きの記載例では、国産原材料を使った食品の製造量を、現状0.5トン／年から計画終了時に2.0トン／年へ増やす目標（変化率300%）が示されています。この数字は、記入例としての仮の数字です。目標値の例として、手引きは、安定取引関係確立事業活動なら地域農産物を使った食料品の製造量や付加価値額、流通合理化なら付加価値額、労働生産性、流通コスト、環境負荷低減なら温室効果ガス排出量、食品ロス、プラスチック排出量、消費者選択支援なら地域農産物の売上高やサステナビリティに配慮した商品の販売量を挙げています。

特に注意したいのが、寄与の程度の欄です。手引きは、自社事業の持続性に寄与するという内容だけでは、認定基準を満たさないおそれがあると明記しています。取引先の農林業者や産地の収入安定化、食品産業全体の効率化や生産性向上、環境負荷低減や高付加価値の商品を求める消費者の利益といった、自社の外への波及を書く必要があります。

審査では、どこが見られるのか

認定基準は3つです。基本方針に照らして適切であること、確実に実施されると見込まれること、農林漁業と食品産業の成長発展、消費者の利益に寄与するものであることです。Q&A（2-12）は、審査で確認する内容を7つ示しています。

認定の前に着手した設備は、特例の対象になるのか

つまずきやすいのが、着手のタイミングです。Q&A（2-14、2-15）によれば、計画に位置づける取組を実施する前に認定を受ける必要があり、認定前に行った機械や設備の取得、施設の着工は、特例措置の対象として認められません。機械や設備は取得（引き渡し）、施設は着工（工事の開始）の前に認定を受けます。契約済みでも、計画の認定日までに取得や着工が行われていなければ、特例の対象になります。

一方、すでに社内で決まっている計画や方針に基づき、今後行う予定の取組も、認定計画の対象になります（2-23）。この場合、特例措置は、認定後の取組にだけ使えます。すでに実施中の取組に加えて、新たに持続的な供給に資する取組を行う場合も対象です。

認定を受けた後は、何をしなければならないのか

認定は、取れば終わりではありません。Q&Aに示された、認定後の義務を表にします。

これまでに、どんな計画が認定されているのか

農林水産省の認定状況のページ（令和8年9月30日時点）によれば、認定計画は129計画です。最初の認定は令和7年10月30日でした。計画の種類と、特例の利用状況を整理します。

特例の利用欄を見ると、特例の利用なしを示す計画が85件あり、約3分の2は特例を使わず認定だけを受けています。農研機構の設備供用が1件、中小企業等経営強化法の特例（A類型）と金融面の特例を併用した計画が1件あります。残りは、金融面の特例を利用した計画です。つまり、設備投資に伴う税制特例を前面に使う事例は、まだ少数です。補助事業での優遇や認定マークを目当てに、認定を取る事業者が一定数いると読めます。

公表されている概要のうち、2つを紹介します。

2社とも、目標が「排出量の削減率」「製造量の増加」という、数字で追える形になっています。あわせて、地元生産者の販路確保や環境配慮といった、自社の外への効果を明記している点が共通しています。

認定マークは、どう使えるのか

認定を受けた事業者は、認定された事業活動計画の広報や、計画に基づく商品の販売のPRに、認定マークを使えます。マークは4つの計画ごとに4種類あり、使えるのは、自社が認定を受けた計画のマークだけです。4種類すべてを使えるのは、4つすべての認定を受けた事業者に限られます。

経営力向上計画や通常の補助金とは、何が違うのか

似た名前の制度との違いを表にします。

この制度は、どんな会社に向いているのか

申請でつまずきやすい点は、どこか

よくある質問

どこに確認すればよいか

編集部の見立てを最後に一つ。129計画のうち、特例を使わない計画が過半だったという事実は、この制度の使いどころを教えてくれます。税制や融資が目的の制度というより、持続的な供給に向けた取組を「国の認定を受けた計画」として整理し、補助事業の申請や取引先への説明に生かすための制度として使われているということです。設備投資の予定がある食品事業者は、設備の発注より前に、管轄の窓口へ事前相談をする。これだけで、使える措置の幅が大きく変わります。